中国HPC进入活跃发展期
作者:汤铭 来源:计算机世界
http://www.ccw.com.cn 2009-11-10 01:13:12
HPC在寒冬中回暖
由于受到几乎波及全国的寒流的影响,11月初的深圳也有了北方初秋的感觉,海风吹来让人感到有些寒冷。
小赵是中山大学的研究生,他却丝毫没有感到任何凉意。他受自己所在实验室的委派,专门来到深圳参加第四届国际基因组学大会,除了对于老本行基因学方面的内容很感兴趣外,他对于大会第二天的云计算分会也充满了好奇。“像我们在进行基因研究,除了生物方面的分析研究外,还有一个很重要的就是要对后期的数据进行分析,这个工作量是非常大的,两者缺一不可,只有这样才能构成完整的生物信息学研究。”小赵透露,他所在的实验室由于缺少会编程、懂计算机的人,所以他们的很多后期数据分析都要交给专门的数据分析公司进行处理,“一个项目要花几万元钱,还得耗掉将近一个月的时间,而我们往往有十几个项目在同时进行,开销不小啊。”因此,小赵很想向计算机方面拓展一下自己的能力,希望以后能具有复合型的科研能力。
第四届国际基因组学大会由华大基因研究院(以下简称“华大基因”)主办,而“云计算与基因组”是这次大会的四大议题之一。在谈到为何要举办这样一次活动时,华大基因云计算负责人方林告诉记者,在生物学界,基因测序技术的突破性发展对基因组学数据分析能力提出了挑战,华大基因凭借自认强大的运算和存储资源,推出了“华大基因生物云计算平台”,就是希望最大程度地共享华大基因在基因组学数据分析方面丰富的经验和软件资源、海量数据和信息资源。
“过去的两三年,在生物技术方面有了重大的突破,生物测序能力有了成千上百倍的提升。过去,一个项目需要工作人员连续88天24小时工作; 而现在相同的项目,两周时间所获得的数据是过去的40倍。而带来的结果,就是我们后台数据处理平台的计算能力也有了一个爆炸性的增加,两者缺了谁,研究工作都有可能进展不下去。”方林透露,华大基因目前在深圳的高性能计算中心的计算能力已经达到了近40万亿次,未来的目标是达到百万亿次。