【星島日報報道】2013年10月
港大宣布委任馬斐森接任校長，由於其不諳中文並對香港毫無認識，陳婉瑩、盧寵茂、程介明等港大教職員，曾公開批評和質疑他不能勝任校長一職。
2014年10月
佔領運動爆發，馬斐森與中大校長沈祖堯到金鐘與學生對話，之後他亦曾向全體師生發信，指港府和警方須為施放催淚彈負責，是少數譴責當局武力鎮壓示威的大學校長之一。
2015年7月
港大副校遴選風波，約百名港大生及校外人士衝擊校委會，校委盧寵茂在混亂間被推倒地受傷。馬斐森其後發電郵，強調不容行使暴力及侵犯校委會正常運作。
2015年10月
陳文敏副校任命被否決，馬斐森接受通訊社訪問稱，不排除北京在背後操控副校長遴選。再被傳媒追問有關說法時，則指以大學最大利益為依歸。
2016年1月
李國章上任港大校委會主席，首次主持會議被衝擊，與馬斐森等校委被學生圍堵。港大翌日報案，馬斐森向全校師生發電郵，譴責學生「暴民統治」（mob rule）。
2016年5月
港大化學系講座教授楊丹及兩名博士生涉嫌論文造假，前助理研究教授王凱峰等人指港大涉嫌放生涉事人士，有港大校委會委員去信校委會，要求調查馬斐森在事件上是否失當。
2016年8月
馬斐森在開學禮上就「港獨」事件表明立場，稱「港獨」不切實際，不符合港大最大利益，但強調港大致力捍 言論自由，包括具爭議的議題。其後他亦指，專上教育持續政治化，重申港大要避免政治化。
2016年10月
港大學生會前會長馮敬恩1月衝擊校委會，被控刑事恐嚇等四罪開庭審訊，辯方將傳召馬斐森任其中一名證人，馬斐森至今仍未上庭作證。
2016年11月
港大校務委員會研究生代表朱科，被指發放微信紅包涉嫌賄選，馬斐森回應稱，有關選舉會議應保密，對會議內容被公開感遺憾，指會遵從校委會的決定，亦不認為事件減低校委會公信力，但暫未考慮重選。
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