有報道指，高鐵有部分內地人員會於西九龍站內地口岸區內過夜，被指與政府之前的說法不同。行政長官林鄭月娥回應，政府的講法是指內地機關人員不會離開口岸，亦不會在口岸居住，但由於晚上11時半收車後，不論內地或香港，都需要有人在口岸區返通宵更，負責整理維修，以準備第二日列車運作。
她又說，內地相關機構人員是不會離開口岸區，他們每日會如普通乘客，乘坐列車來港上班，下班後再坐車回內地，她形容有關做法對內地機關的財政支出大，因在內地口岸區內的水、電、維修保養都由內地機關支付。對於社會上就內地人員在西九龍站的膳食開支問題有疑慮，她解釋，有關人員的膳食費用是由內地支付，港鐵只是負責招標。
至於有傳媒披露高鐵西九龍站設有B5層，被指是「神秘層」，林鄭月娥表示，大部分基建都有類似樓層，讓工作人員通過，因此並不神秘，她希望一些人不要誇大失實，指港鐵有所隱瞞。
